在生物界中始终存在着进化与退化，食用菌属于生物当然也不例外，不但不能例外，由于食用菌菌丝结构幼嫩，更容易发生退化、变异现象。
下面我们简单的说一下导致食用菌菌种退化的原因：
一、由于多代扩繁　营养结构单一、环境恒定的条件下，菌丝不断的延伸、分裂繁殖的过程中时刻存在着发生退化的可能性。
二、外界不良条件诱导　食用菌菌种受外界条件影响很大，其它包括温度、压力、温度光照、辐射等条件的突然变化，包括增强、或减弱都有可能导致食用菌菌丝为了适应意外变化而改变自身生长机能的应急反应。
三、病毒感染　食用菌真菌属于微生物，以个体小著称，在生物界中还存在一种微生物统称为病毒，病毒与真菌虽然都是微生物，但是病毒的个体更小，真菌孢子直径一般在3－7微米（UM），而病毒颗粒大小直径只有20-350纳米（NM），这里需要科谱一下1纳米＝10亿分之1米。1微米＝1000纳米。
病毒各类多、数量多，一杯海水中就存在400亿个病毒。相关资料请查阅我们以前发过的文章食用菌的隐形杀手-病毒
我们知道了菌种变异、退化的原因，下面再说一下菌种退化、变异的检验方法：
一、显性退化、变异：主要从外观上看只要存在不明原因的出现菌种背离常规待征与特性，无论是衰败或者是长势强壮的现象不管群体或个体，都可以断定为菌种已经退化或产生变异，举例说明：
菌丝生长过程中子实体形成早或晚，菌丝生长速度莫名的迅速或缓慢等情况的发生都只以证明菌种已经出现了退化或变异现象，对于这样的菌种我们建议大家尽量不要使用。
二、隐性退化、变异：隐性变异是无法用肉眼从外观上辨别，我们只能从引种渠道来尽量避免已经退化、变异的菌种应用于生产。这里我们需要说明的是隐性变异，就是观看菌丝的形态结构与特征完全正常，到出耳或出菇时，不能开成子实体，当遇到这种情况时就说明菌种遗传基因中控制产量或子实体形成的基因突变导致了产量下降或者决产，这种情况下就会出来只长菌丝不长菇的结果。
需要重点说明的是，菌种退化、变异也需要一个由少到多的过程，开始时会有一个或几个细胞发生退化或变异，随着扩繁的代数增加或环境条件的恶劣，包括病毒的感染和不断侵蚀，而导致退化、变异细胞的基数增加，如果没能及时发现就会进展到由量变到质变的程度。这种情况往往在传统的母种－－原种－－栽培种的生产模式下不会造成大的损失，因为在母种－－原种－－栽培种扩繁的过程中也起到了一个再次筛选、复壮的作用。
我们在实际生产中偶而会遇到这种情况，就是同一支母种试管接的8瓶原种，有4瓶明显出来了由病毒感染的菌种变异现象，其它四瓶没有显性变异现象。对于这样的菌种我们就弃之不用了。
然而我们上述的关于菌种退化和变异的过程是有概率的，经过科学计算得出结论：菌种自身突变引起遗传组成变化(每一世代有10-8～10-9突变机率)
意思是说正常情况下菌体菌种发生变异的机率非常小。我们也没有必要谈菌种怕退化、怕变异。
重点中的重点：而在液体菌种生产中，菌种发生退化、变异的情况就表现的非常明显：一个技术成熟的液体菌种技师在一切都是同等操作条件下也会出现“坏罐”情况，排除已知的由于操作不当而导致感染的原因之处所出现的菌种衰败、死亡情况都可以断定为菌种发生退化、变异。当然能够通过肉眼检测可以判断的出菌种衰败、异常的退化、变异是显性的。在液体菌种实际生产中也会遇到液体菌种的隐性退化与变异，就是菌丝正常生长，接入栽培袋以后不能形成子实体，或导致子实体畸形等现象的发生。
（实例为证：共9万袋木耳，其中5万袋长势正常，4万袋畸形变色，同等管理条件下，一眼就可以断定是菌种发生由病毒感染而导致的变异现象。）

综上所述，菌种是食用菌生产成败的第一步，液体菌种生产存在着重大的安全隐患，一般应用于液体菌种生产的菌包厂生产数量在百万到千万袋，操作严格，出现这种隐性变异的概率在10万分之1左右。这个概率就和做飞机发生空难的概率差不多。因此大型菌包厂应该于液体菌种生产还是得大于敝的。
需要引起重视的是有些企业，为了眼前利益最大化，将液体菌种生产出来的菌包做为黑木耳的原种进行出售，如果出现了菌种隐性退化、变异的情况发生就会给广大栽培户带来巨大的损失。
在这里需要大家要选购菌种的时候提高警惕，注意分辩菌种级别和代数